Das FiBL in der Schweiz besteht am Standort Frick aus vier Forschungsdepartements sowie dem Departement für Beratung, Bildung & Kommunikation, dem Departement für Internationale Zusammenarbeit, dem Departement für Finanzen & Infrastruktur und dem Departement für Personal & Administration. Am Standort Lausanne ist das Team des Departements Westschweiz tätig.
Das Organigramm gibt einen Überblick über alle diese Bereiche.