Viele Grundwasserkörper in Deutschland sind in einem schlechten ökologischen Zustand, einer der Gründe dafür sind die Stoffeinträge durch die Landwirtschaft.
Mit dem Ökolandbau existiert ein Landnutzungskonzept, das nachweislich und vielfältig zum Schutz der Grund- und Oberflächenwässer beiträgt (z. B. Sanders & Heß 2019). Der Einsatz von chemisch-synthetischen Pflanzenschutzmitteln ist im Ökolandbau untersagt, die Tierhaltung ist flächengebunden, der Zukauf von Stickstoffdüngern sowie der Einsatz von Tierarzneimitteln sind streng reglementiert. Als Folge erweist sich die Belastungssituation der Grundwässer mit Nitrat, Pflanzenschutz- und Tierarzneimitteln bei ökologischer Bewirtschaftung als erheblich reduziert, d.h. eine landwirtschaftlich produktive Nutzung der Flächen ist möglich, bei gleichzeitig geringer Belastung des darunterliegenden Grundwasserkörpers.
Auch im Ökolandbau wird die Nitratauswaschung nicht vollständig vermieden, und es müssen insbesondere in niederschlagsärmeren Regionen und Trockenzeiten weitere Maßnahmen ergriffen werden. Hier sei bspw. auf potenzielle Stickstoffeinträge durch den Anbau von Leguminosen und aufgrund einer unproduktiven Stickstoffmineralisation nach der Grundbodenbearbeitung im Herbst verwiesen.
Ein restriktiver Umgang mit den Anteilen an Hack- und Gemüsekulturen, ein angepasster Zwischenfruchtanbau, eine weitgehend reduzierte Bodenbearbeitung im Herbst sowie ein gezieltes Mineralisierungsmanagement in Bezug auf den Leguminosenanbau können dem entgegenwirken. Darüber hinaus sind in Praxis und Forschung in jüngerer Zeit weitere Maßnahmen entwickelt worden, die im Sinne einer Weiterentwicklung des Ökolandbaus Nitratausträgen entgegenwirken können.
Die Ziele im Bereich des Wasserschutzes durch Ökolandbau sind daher u.a.