Bodenbürtige Krankheiten verursachen in der Landwirtschaft grosse Schäden und sind schwierig zu kontrollieren. Der Einsatz von geeignetem Kompost kann den Druck durch bodenbürtige Krankheitserreger reduzieren. Es besteht jedoch Optimierungsbedarf, da nicht jeder Komposteinsatz erfolgreich ist. Ein Grund für die schlecht vorherzusagende Wirkung von Kompost ist die sich während des Reifeprozesses laufend ändernde mikrobielle Zusammensetzung. Welche mikrobiellen Konsortien wichtig für die positive Wirkung sind ist noch weitgehend unbekannt.
Dieses Projekt hat zum Ziel, (i) mikrobielle Konsortien, welche für die suppressive Wirkung von Komposten verantwortlich sind, zu identifizieren, (ii) wichtige Vertreter zu charakterisieren und (iii) zu prüfen, ob diese mikrobiellen Konsortien/Hauptakteure die suppressiven Eigenschaften von unwirksamen Komposten verbessern können. Dazu werden die Rhizosphären-Mikrobiota von durch Kompost geschützten und nicht geschützten Pflanzen verglichen durch Isolierung auf Agarmedien und anschliessender Identifizierung mittels MALDI-TOF-MS, sowie durch Metagenomik und de novo Genomassemblierung basierend auf Next-Generation Sequencing.
Dieses Projekt schafft die Grundlagen dafür, künftig für spezifische, phytosanitäre Probleme massgeschneiderte Lösungen anbieten zu können, zum Beispiel durch Prüfung von Komposten auf geeignete mikrobielle Zusammensetzung oder durch gezielte Anreicherung mit für die jeweilige Anwendung angepassten Mikroorganismen.
