Das übergreifende Ziel von AGRIBIOME ist es, die nachhaltige Pflanzenproduktion durch die Ausnutzung der Mikrobiom-vermittelten Krankheitsresistenz weiter voranzutreiben. Diese Mikrobiom-basierte Ökosystemleistungen sollen dabei durch Bio-Inokulation und Züchtung gesteuert werden. Die Hauptziele von AGRIBIOME sind (a) die Identifizierung mikrobieller Hubs (hochgradig vernetzte Taxa in mikrobiellen Netzwerken), die durch den Pflanzengenotyp reguliert werden und biotischen Stress reduzieren, (b) die Entwicklung molekularer Marker für Pflanzenmerkmale, die mit der Rekrutierung nützlicher Mikroben assoziiert sind, (c) die Etablierung einer neuen Generation von Pflanzenprobiotika, die die Widerstandsfähigkeit von Nutzpflanzen vorhersagbar und konsistent verbessern, und (d) Nutzung von Mikrobiomtechniken zur Vorhersage von Krankheitsresistenzen hin zu Holobiont-basierten Züchtungsprogrammen. Dabei wird AGRIBIOME einen Präzedenzfall für andere Kulturpflanzenarten und Kultivierungsprobleme schaffen, indem es die Kulturpflanze als eine ökologische Einheit betrachtet, die aus der Pflanze und der damit verbundenen mikrobiellen Gemeinschaft besteht (Holobiont-Konzept).
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